Tal vez desinstalando, limpiando registro y luego instalar y actualizar a 1.2 + mod de terceros que te gusten, pero antes salvando lo siguiente:
Mis documentos\SH3\data\cfg
Aqui se guardas tus progresos.
No lo he probado pero en el peor de los casos, de que al principio no detecte el antigüo cfg comienza de cero con nueva carrera, no salgas de puerto pero guarda la mision, salir del sim... y pegar de nuevo el cfg.
¿Para que?
Habras conseguido que se cree de forma natural la estructura de ficheros y luego tu añades a mano lo de tu vieja instalacion.
Ya te digo, no lo he probado ni he leido nada al respecto, pero es lo que yo haria solo por sentido comun.
¿que puede fallar?
Que falte algun fichero por trasladar ubicado

en el directorio del juego, pero he mirado y no hay ninguno actualizado a fecha de mi ultima mision.
Suerte.