Vamos a ver si te sirve lo siguiente:
Si te cabe en el disco duro, si no lo siguiente no sirve, copias los archivos contenidos en el directorio
\win98 del CD de Windows al disco duro. Por ejemplo, a
C:\win98cd. Y copias en algún papel el "número de serie", el
CD key, que te lo pedira luego y no tendras acceso a la unidad de CD hasta el final. Salvas todos los archivos e información que necesites y que te quepan en el disco duro, o los copias a CD. Borras la carpeta
Archivos de programa y
juegos o similares. Y reinicias el ordenador. En el proceso de reiniciado pulsas
F8 antes de que inicie windows y seleccionas, de la lista que te aparece, la opcón
Arrancar solo en simbolo delsistema.
Ahora borras todo el directorio de windows con
deltree windows.
Deltree.exe esta en
c:\windows\command y en
c:\win98cd. Como el proceso es largo es conveniente cargar antes la caché del disco con
smartdrv.exe que podemos encontrar en
C:\windows (lo encontraremos antes de borrarlo por supuesto

) o en
C:\win98CD.
Una vez borrado el windows viejo entras en el directorio win98cd y ejecutas
instalar y si no me equivoco tendria que funcionar todo bien.
Si tienes algún problema con manejarte en linea de comando dilo y te explico lo de arriba más detallado y con las instrucciones que hay que utilizar en cada momento.
Por cierto que toda la información esta extractada de la siguiente
página
Un saludo