Buenas Fliper, si te quieres cambiar de flotilla, le tienes que dar al dibujo que hay de un telefono en el menu de la campaña y le das a transferir a la flotilla que tu quieras ir, por ejemplo quieres ir a la 1ª por lo tanto ahora tu base sera Kiel. (Siempre y cuando te deje la kriegsmarine hacer esa transferencia jeje). Para el cambio de sub lo tienes que comprar tu, con tu renown. Respecto a ver si te mandan nuevas misiones, pues si te mandaran patrullar otras zonas, por ejemplo si tienes un tipo II te mandaran cerca de la costa inglesa, y con un tipo VII te mandaran algo mas lejos, depende de lo que quiera la maquina hacer.
Respecto a tu 2ª pregunta si una vez cumplidas las misiones asignadas, le das a esc, y le das a salir de la patrulla, volver a base. Pero es bueno volver con tu sub, ya que de vez en cuando volviendo hacia tu base te puedas encontrar con chatarra a la que puedas mandar al fondo

por eso muchos comandantes suelen volver hasta la base.
Un saludo
