Pues vamos al lío.
Lo primero de todo es tener una instalación limpia del SH3, os aconsejo usar el disco del juego y le deis a la opción reparar, parcheais a la 1.4b los que no tengan el disco de Micromanía y listo. No hace falta instalar gestor de mod.
Lo descargamos de aquí:
http://www.lsh3.com/v5/download_en.html
La versión full (b), abajo.
Cuando lo tengais descargado descomprimir y le dais la ruta de instalación.
Una vez instalado abrir el gestor y solo vamos a introducir el primer mod:
_LSH3_V5
Seguidamente arrancamos el juego y de pantalla de carga nos tiene que salir la del mod:

Una vez dentro ajustais las opciones del juego a vuestro gusto, por defecto sale en alemán, lo cambiais a inglés y listo. Salid del juego y ahora le poneis los mods que querais. En el gestor al pasar sobre el mod con el ratón, os dice tanto en inglés como en alemán para que vale cada mod.
Después le podeis añadir mas mods, como este para el LSH3 que es para cambiar los gráficos ambientales, agua, cielo, etc...
Environment MOD MEP: Dejo este enlace para quien lo quiera instalar, pero es incompatible con el FM new interior.
http://www.lsh3.com/v5/mods_en.html
Ya, para rematarlo, un mod para abrir las escotillas, andar libremente por todo el sub, incluído el WC, sala de máquinas, sala de oficiales, etc..
http://www.divingduck.de/

Y esta es mi instalación que funciona perfectamente:

Un saludo.